“Nul bon vent pour celui qui ne sait où il va.”
Sénèque le Jeune
Résumé:
Les nouveaux variants sont 120 % plus contagieux. Le RØ et le seuil d’immunité passent de 5+/80 % à 10-12/≈91 %. Dominants en Angleterre et au Cap en décembre ; ils seront dominants dans tout le Royaume-Uni, l’Irlande, l’Afrique du Sud et le Zimbabwe en janvier ; au Danemark et en Nouvelle-Angleterre en février avec certitude, et vraisemblablement le reste de l’UE et la côte Est en mars.
Seuls les pays ayant choisi l’éradication y échapperont. La stratégie de lutte doit changer pour viser la suppression et limiter la circulation du virus. Cela suppose de repenser la stratégie de vaccination et d’envisager une tri-thérapie vaccinale.
Partie I ANALYSE
#1 Situation
Deux nouveaux variants préoccupants (VP) sont apparus ces dernières semaines. Un au Royaume-Uni et un autre en Afrique du Sud. Bien qu’ils soient distincts, ils ont en commun un schéma similaire d’abandon du gène S, ce qui rend le CoVid-19 plus contagieux.
Une autre source de préoccupation est la rétro-analyse en cours par Helix sur des échantillons américains. Nous avons une autre variante avec le même schéma d’abandon du gène S. Nous ne savons toujours pas s’il s’agit de l’un des deux autres VP ou d’un troisième VP. Mais avec une prévalence de 1,85% à Boston le jour de Noël, nous savons qu’il deviendra le variant dominant début février.
La situation évolue clairement vers une deuxième vague avec des VPs qui pourraient faire des ravages bien plus importants que la première vague.
Les paramètres importants pour évaluer la gravité de la situation sont les suivants : la vitesse de contagion RØ, la vitesse de remplacement de la variante actuelle par un VP, le rapport entre l’ancien RØ et le nouveau, et le niveau d’immunité correspondant requis pour vaincre le virus.
#2 Quelle est la gravité de la situation ?
Le variant précédent
Dans les premiers stades de la pandémie, la plupart des gens étaient enclins à dire que le RØ du CoVid-19 se situait autour de 3, avec un niveau d’immunité collective correspondant à environ 60 à 70 %. Avec tant d’inconnues sur le nouveau virus, le niveau exact de ce seuil, critique pour sortir de la pandémie, n’a pas été beaucoup analysé, ni pris en compte[i].
Pour y parvenir, nous sommes obligés d’extrapoler à partir de cas concrets.
Prenons le porte-avions Charles-de-Gaulle[ii], en milieu fermé où la contamination se fait plus rapidement, avec un échantillon conséquent, bien défini… Au moment de l’accostage à Toulon, plus de 68 % de l’équipage a été testé positif. L’épidémie n’y était pas terminée et des mesures de quarantaine avaient été prises. À Manaus, métropole isolée au milieu de l’Amazone, l’épidémie continue de s’étendre alors que 76 % de la population est déjà touchée.
Il est raisonnable de supposer que le niveau d’immunité collective est nettement supérieur au niveau observé. Un seuil de 75% ou 80% se traduirait par un RØ de 4 ou 5. Un RØ de 5 pour le premier variant est probablement conservateur.
La surveillance épidémiologique
Statistiquement, au départ, un nouveau VR reste sous le radar. Le séquençage des nouveaux variants est long et coûteux, peu de pays le font. Le Royaume-Uni et le Danemark le font (d’où la découverte du variant “vison”).
Le séquençage régulier des cas contractés permet seul de suivre l’apparition de nouveaux variants. La quantification de ceux-ci permet l’identification de nouveaux variants préoccupants. Une absence de surveillance revient à piloter à l’aveugle et sans carte.
Les VPs actuels
Nous savons qu’ils sont au moins deux, le variant d’Afrique du Sud et celui du Royaume-Uni. Le variant observé aux USA ne semble être ni l’un ni l’autre, il s’agit vraisemblablement d’un troisième VP qui présente le même schéma d’abandon du gène S.
Nous ne connaissons pas encore par quels mécanismes les mutations donnent aux nouveaux VPs un avantage sur les variants concurrents. Nous pouvons extrapoler cet avantage en nous appuyant sur la vitesse de remplacement au Royaume-Uni que nous connaissons. Supposons que nous commencions avec une prévalence de 15 % et un avantage de réplication respectivement de 50 % et 100 %, avec un cycle de réplication du virus de 7 jours[iii] :
| Table 1 : Vitesse de remplacement par le nouveau variant | ||||
| % VP | Royaume-Uni | |||
| Semaine | @+50% | @+100% | Semaine débutant | Chiffres constatés |
| 0 | 15,00% | 15,00% | 19/10/20 | 15% |
| 1 | 19,57% | 26,09% | 26/10/20 | 29% |
| 2 | 24,55% | 41,38% | 02/11/20 | 64% |
| 3 | 29,56% | 58,54% | 09/11/20 | 79% |
| 4 | 34,23% | 73,85% | 16/11/20 | 88% |
Il en ressort que l’avantage comparatif des VP est supérieur à 120 %, (sur la base d’un cycle de 6 jours couramment admis, et de 115 % sur un cycle de 7 jours comme ci-dessus).
Bien sûr, à mesure que les nouveaux cas explosaient, le Royaume-Uni a durci le confinement, avec les conséquences économiques, sociales et psychologiques prévisibles.
#3 La donne a changé
Le RØ des nouveaux VPs a plus que doublé par rapport au variant précédent. Il se situe dans une fourchette de 10 à 12, avec un niveau d’immunité collective entre 90 % et 92 %. Ce chiffre RØ est le résultat de deux sous-estimations, donc une sous-estimation du chiffre réel de transmissibilité. Il est encore inférieur à celui de la rougeole, le virus le plus contagieux transmis par voie aérienne, qui est alors de 16/94%.
Table 2 : Seuils estimés de l’immunité collective
| Maladie | R0 |
| Oreillons | 4-7 |
| CoVid #1 | 5 |
| Polio, rubéole | 5-7 |
| Diphtérie, Variole | 6-7 |
| CoVid VP | 10-12 |
| Coqueluche | 12-17 |
| Rougeole | 12-18 |
Un VP plus contagieux est pire qu’un VP plus mortel[iv]. Une meilleure transmission se traduira par un nombre beaucoup plus élevé de nouveaux cas. Étant donné le chiffre actuel d’exposition du grand public au virus (10 à 15 %), nous avons encore une marge de 85 à 90 % pour une explosion de la croissance, des hospitalisations et des décès, et finalement la perte de contrôle de la situation.
Pour compenser une variante 50 % plus contagieuse, un pays doit vacciner un tiers de sa population. Pour compenser une variante 100 % plus contagieuse, un pays doit vacciner la MOITIÉ de sa population.
Cela signifie que le Royaume-Uni ou la France devraient avoir vacciné 35 millions de personnes chacun, soit 70 millions d’injections, d’ici le 30 mars, pour se retrouver dans la même situation d’urgence que le 31 décembre. Pour les États-Unis, les chiffres seraient de 150 et 300 millions.
Même sans les contraintes liées à la mise en place des programmes de vaccination, nous n’avons tout simplement pas assez de doses disponibles à venir. La situation sera douloureuse et même extrêmement douloureuse.
Partie II NOUVELLES STRATÉGIES NÉCESSAIRES
#1 Objectif
Seuls les quelques pays ayant choisi une politique d’éradication devraient échapper à la seconde vague. Ils se portent bien d’un point de vue médical, mais, d’un point de vue économique, sont encore sous le choc de la pandémie globale qui fait rage à l’étranger.
Les pays ayant choisi comme politique d’aplatir la courbe (ou, pire, l’immunité collective comme en Suède), vont prendre la nouvelle vague de plein fouet, et cela bien avant que les vaccins ne soient disponibles en quantité suffisante.
Il n’a jamais été aussi clair que la seule issue sera la coopération internationale, via la réduction de la circulation du virus, tant dans le pays qu’à l’étranger, avec l’objectif commun d’éradiquer le virus. Aplatir la courbe et attendre la vaccination ne permettent pas de faire face à la vitesse de réplication des nouveaux variants, sans même parler de variants inconnus à venir.
#2 Course de vitesse contre le virus
En raison de la façon dont nous vérifions la présence de nouveaux variants en séquençant les cas par échantillonnage, la probabilité d’identifier un nouveau VP avant qu’il ne soit déjà répandu est proche de zéro.
Nous avons 2, et sans doute 3[v] VPs, qui partagent nombre de mutations en commun. Ils sont tous apparus à la fin de l’automne 2020. Que différentes mutations conférant le même avantage de propagation au virus apparaissent à plusieurs endroits à la fois est possible mais peu probable. 2 ou 3, avec la même mutation, en même temps, indique un ancêtre commun.
Cet ancêtre doit se situer en amont, sans doute durant l’été. Il a circulé depuis comme l’indiquent les trois souches constatées. Il est trop tard pour limiter les déplacements. Mais il est encore temps d’éviter de répéter la même erreur une troisième fois.
#3 Mettre en place une stratégie de vaccination efficace
Pour gagner la course de vitesse, nous devons ralentir le virus et accélérer la vaccination. Pour ralentir le virus, les mesures de confinement, de tests, de traçage et d’isolement restent d’actualité. Pour accélérer et maximiser l’efficacité de la vaccination, nous avons besoin d’une stratégie intelligente.
#3.1 Une vaccination à 100 % est nécessaire
Avec le seuil de 60/70 % imaginé au départ pour obtenir une immunité collective, il suffisait de retirer les 25 % de récalcitrants à l’égard du vaccin, d’y ajouter les femmes enceintes, les personnes souffrant d’allergies multiples, etc. pour atteindre ce niveau de 70 %.
Avec un seuil de 90+ %, et un taux d’efficacité des meilleurs vaccins disponibles à ce jour de 90-95 %, il faut vacciner 100 % de la population mondiale pour maintenir le taux de R effectif à 1.
Nous devons rendre la vaccination obligatoire, sans conditions ni restrictions. Il faut également s’efforcer de contenir les théories du complot et des anti-vaccins auxquelles les géants des médias sociaux en ligne laissent trop souvent libre cours.
#3.2 L’arbre qui cache la forêt
Critères de vaccination
Donner la priorité à nos aînés dans les maisons de soins parait évident et éthique. C’est tout simplement stupide et pas si éthique si nous y réfléchissons de plus près.
Réfléchir d’un point de vue éthique, c’est décider d’agir pour le bien commun ou le résultat le moins dommageable. Concrètement, il faut définir un périmètre et des critères pour hiérarchiser les actions à mener en vue d’atteindre le résultat.
Dans une pandémie, le périmètre ne peut pas être le seul bénéfice individuel, en raison du défi hautement interactif auquel nous sommes confrontés, nous devons penser aux bénéfices de la communauté, c’est-à-dire de la communauté mondiale et probablement même inclure les futurs êtres humains dans notre raisonnement[vi].
Notre objectif n’est pas seulement de protéger les plus fragiles[vii] ; mais aussi d’éradiquer le virus pour protéger tout le monde, y compris les plus fragiles. Nous devons tenir compte des individus, tenir compte des contacts entre les individus, et tenir compte de la communauté tout entière. Nous devons garder à l’esprit que la vaccination protège la personne injectée mais arrête aussi la transmission et protège ainsi les autres.
Le cas de nos personnes âgées
Pour revenir aux personnes âgées en maison de retraite, nous pouvons les protéger en les vaccinant, ou en vaccinant leurs personnes contact. Si nous vaccinons le personnel des maisons de retraite (du concierge, à l’infirmière en chef et au clown en visite), nous avons pris en compte 99 % de leurs interactions sociales, ce qui réduit de 99 % leur risque de contamination. Comme ils sont beaucoup moins nombreux que les personnes âgées, c’est le choix le plus logique et le plus efficace.
D’un point de vue médical, il y a de nombreuses raisons pour lesquelles les personnes âgées et les femmes enceintes sont exclues des tests de nouveaux médicaments. De plus, le personnel soignant est plus facile à injecter car il peut se rendre seul dans un centre de vaccination et court moins de risques car il est plus jeune et en meilleure santé. Cette stratégie permet également d’éviter les disruptions dans les soins dues à l’isolement, quand le personnel soignant est cas contact ou malade.
Dans le but de réduire la circulation du virus, les personnes âgées vivant dans des maisons de soins n’ont qu’une ou deux interactions sociales avec le monde extérieur. Ils constituent donc le groupe le moins susceptible de transmettre le virus. La meilleure façon de les protéger est de les isoler de l’extérieur. Après les soignants, la vaccination de leurs visiteurs, généralement leur femme/mari ou leur fille/fils, des personnes âgées elles-mêmes, est la solution.
Décisions éthiques
Concrètement, la décision éthique est de savoir quel groupe il faut injecter en premier pour assurer la protection la plus efficace et la plus rapide possible à l’ensemble de la population, y compris aux plus fragiles. Nous ne voulons pas sacrifier un groupe au profit des autres s’il n’y a pas de nécessité, et nous n’avons pas besoin de le faire si nous agissons intelligemment[viii].
Maintenant que nous avons démontré que les anciens n’étaient pas le premier groupe évident à vacciner, quels devraient être les critères permettant de définir les priorités dans le processus de vaccination ?
Ce que nous voulons éviter pour vaincre le virus :
(1) La mortalité, en particulier celle des plus fragiles (les personnes âgées dans les maisons de retraite et les autres groupes fortement touchés) ;
(2) La perturbation des services essentiels tels que les soins de santé et autres services nécessitant une présence physique (livraison, alimentation, éducation, etc.)
(3) La propagation par les échanges.
Nous devons privilégier un processus de vaccination rapide et efficace. Il est plus facile de vacciner des personnes en bonne santé et autonomes, et il est plus facile de vacciner de petits groupes clairement identifiés.
#3.3 Construire un environnement résilient
Avec la nouvelle crise qui se prépare et la probable surcharge de nos capacités de soins, nous devons de toute urgence faire preuve d’intelligence.
Première priorité, tous les travailleurs de la santé.
Jeunes ou vieux, plus ou moins à risque, chaque cas ou cas contact à qui il est demandé de s’isoler affaiblira un système de santé déjà mis à rude épreuve par une lutte d’un an avec le variant précédent. Nous devons faire en sorte que les systèmes de santé continuent à fonctionner.
En outre, en protégeant les travailleurs de la santé, nous protégeons également les groupes les plus fragiles, les personnes âgées et les malades. Outre le fait qu’il est “essentiel” pendant une pandémie, le personnel de santé ne peut être remplacé facilement et nécessite une longue formation.
Seconde priorité, tous les voyageurs.
Nous devons vacciner tous les chefs d’État et ministres, tous les pilotes et stewards, tous les capitaines et marins, tous les camionneurs et apparentés… Nous commençons par protéger les échanges étrangers, puis nationaux.
Une preuve de vaccination devrait être exigée pour les voyages aériens au plus tard le 30 mars afin de sécuriser les aéroports. La preuve de vaccination devrait être exigée pour entrer dans les systèmes de transport en commun avant le 30 juin (ou dès que possible).
Nous devons assurer la sécurité des voyages internationaux que ce soit pour l’approvisionnement, le gouvernement ou les affaires ; et éviter toute nouvelle contamination croisée.
Troisième priorité, les activités de soutien.
Nous devons faire en sorte que les chaînes d’approvisionnement, les transports, l’éducation fonctionnent. Des livreurs aux caissiers, en passant par les personnels des laboratoires de vaccination qui produisent et/ou distribuent les doses et les professeurs, ces personnes essentielles doivent être protégées. C’est aussi reconnaître le service essentiel qu’elles ont offert à la communauté pendant la première vague.
Enfin, il faut vacciner le plus grand nombre de personnes possible dans les plus brefs délais[ix].
#4 Nouvelles stratégies – Aspects pratiques
Le principal obstacle sera de produire suffisamment de vaccins dans les délais requis. Faire face au variant précédent a été compliqué. Nos systèmes de santé et nos sociétés se sont adapté avec difficulté. Avec les nouveaux VPs, nous risquons un désastre total.
Comme la première injection de n’importe quel vaccin produit déjà la plupart des effets, la décision du Royaume-Uni de reporter la deuxième piqûre à plus tard, pour donner la priorité à un plus grand nombre de personnes vaccinées, est brillante. Mais ce ne sera pas suffisant.
Une autre voie à explorer est celle de la trithérapie.
En général, face à un nouveau virus, nous sommes heureux d’avoir un seul vaccin. Et quand nous en avons un, nous le modifions autant que possible jusqu’à ce que nous en obtenions un plus efficace. Dans le cas présent, nous pouvons donc envisager de mélanger différents vaccins.
C’est-à-dire combiner des doses beaucoup plus faibles de différents médicaments pour limiter les effets secondaires, ce qui permet également de limiter les coûts et de faire face aux pénuries. Cela n’a rien de nouveau, le concept reflète le tétrapharmakos (τετραφάρμακος) de la Grèce antique.
Ainsi, une bi-thérapie pourrait impliquer 1/4 de dose de vaccin A et 1/4 de dose de vaccin B, pour la première piqûre, idem pour la seconde. 7,5 milliards de doses nécessaires pour vacciner la population mondiale au lieu de 15. Une trithérapie pourrait impliquer 1/10 de dose de vaccin A, une autre de B et une troisième de C. 5 milliards de doses.
Les tests peuvent être effectués en très peu de temps. Les résultats peuvent être obtenus en quelques jours car nous avons les moyens d’évaluer la réponse avec différentes posologies.
Comme nous travaillerons avec des vaccins approuvés (ou dans certains cas sur le point de l’être), aucune étude supplémentaire n’est nécessaire pour la sécurité ou les effets secondaires (qui devraient diminuer), etc. Il n’y a pas non plus de problèmes d’éthique, car si une combinaison semble sans intérêt, les participants peuvent recevoir un vaccin régulier à la place.
Nous ne pouvons pas garantir que cela fonctionnera, mais tout ce que nous savons sur les médicaments indique une amélioration probable qui tirera le meilleur parti d’une offre limitée. Il reste à déterminer dans quelle mesure.
#5 Renforcer la coopération internationale
Comme ces stratégies mises ensemble pourraient réduire considérablement le nombre de doses nécessaires, elles auront pour conséquence que nous pourrons vacciner la population mondiale en six à douze mois de moins que prévu.
Une deuxième conséquence sera que, comme les principaux pays de l’OCDE ont déjà acheté (et parfois suracheté pour se couvrir) près de 5 milliards de doses pour eux-mêmes, la communauté internationale pourrait offrir le vaccin aux pays moins riches. Par conséquent, elle doit le faire.
Le principal obstacle est d’obtenir l’accord des laboratoires concurrents, parfois plus ou moins dépendants de leur pays d’origine, pour coopérer.
Cela ne devrait pas être un problème, mais ce sera le cas ; c’est pourquoi nous lançons ce cri d’alerte pour que cela se fasse dans les plus brefs délais.
[i] L’immunité collective est le niveau d’exposition à partir duquel une épidémie s’arrête parce que le nombre de personnes exposées est tel que le virus ne trouve pas assez de nouvelles personnes à contaminer. Plus le virus est contagieux, plus le nombre de personnes infectées est élevé, plus le vaccin doit être efficace.
[ii] Beaucoup de gens ont écarté ces conclusions parce que, lorsqu’on essaie de déterminer la vitesse d’infection, la nature même des conditions d’exiguïté d’un porte-avions en mer n’a rien à voir avec la vie réelle. Cependant, pour tester le seuil d’immunité réel et le RØ, c’est une aubaine.
[iii] La partie centrale de la courbe de remplacement est le marqueur le plus significatif, c’est donc celui qui a été retenu.
Une période de six jours est généralement utilisée. J’ai utilisé un chiffre de sept jours pour faciliter la comparaison, même si cela réduit quelque peu l’avantage reproductif du nouveau VP.
[iv] https://www.theatlantic.com/science/archive/2020/12/virus-mutation-catastrophe/617531/
[v] Dans le cas de Boston, une prévalence actuelle de 1,85 % le jour de Noël, signifie un taux de 15 % dans trois générations, soit 18 jours. Le VP sera dominant mi-février dans le Massachusetts, et dans foulée toute la Nouvelle-Angleterre, y compris au Québec, d’ici la fin février.
[vi] Nous ne pouvons pas exclure certains pays ou groupes d’âge. En dehors de l’aspect éthique, ce ne serait pas efficace à long terme.
[vii] C’est peut-être un choix éthique acceptable si votre seule ambition est d’aplatir la courbe, mais ce n’est pas le cas si nous voulons éradiquer le virus.
[viii] Nous ne voulons pas non plus sacrifier les jeunes : ils sont notre avenir.
[ix] En raison des problèmes de disponibilité, seule une poignée de petits pays comme Israël ou Bahreïn peuvent espérer pouvoir vacciner toute leur population au cours du trimestre en cours.
